とりあえず、暫定的に解決しましたのでご報告だけ。
SQL内でIF文でのやり方が見つかりませんでした。

結局、initObjQuery関数内で

// バージョン取得
$val = $objQuery->getOne('select version()');

if(strcmp($val,'5.7.5')) {
　$objQuery->exec('SET SESSION default_storage_engine = InnoDB');
} else {
　$objQuery->exec('SET SESSION storage_enging = InnoDB');
}

みたいな動きをしてやれば対応できそうです。(大丈夫だと思います)

以下それぞれで動作確認済み
　?MySQL 5.7.10-log
　?MySQL 5.6.26

ただ、毎回SC_Query呼び出すタイミングでこの処理が入るのは
あまり、実用的ではないと思いますね。


ですので、MySQL5.7.5以降については、
　?$objQuery->exec('SET SESSION default_storage_engine = InnoDB');に修正しておく
　?SC_DB_DBFactory_MYSQL.php自体を新旧MySQLで分けておく、
　?そもそものシステム要件で弾いておく
　?レスポンス下がっても以上の処理を加える
ようにしておくのがいいのかも知れませんね。