同じくXREA+で試しています。

CGIで運用するのが正直簡単ですね。
しかしCGIのときは.htaccessに記述されているPHP関係の設定がすべて無効です。
あれはモジュールにしか効かないので、php.iniに記述を移して各フォルダに置く必要があります。
多分、最低限はCPIの説明にあるように、data、html/admin/design、html/admin/mailに配置すればいいのかもしれません。

CPI：EC-CUBEのインストール方法
http://www.cpi.ad.jp/service/server/function/shop/ec_cube/

XREA：PHPをCGIとして動かす方法について
http://sb.xrea.com/showthread.php?t=10744


ということで
・PostgreSQLを使うこと
・CGI版でインストールすること
・.htaccessのphpの設定をphp.iniに写して、各ディレクトリに配置すること

このあたりを注意すれば文字化けに悩まされることもなく利用できると思います。