EC-CUBE3 ではカテゴリの並び順については不具合があり、現時点（3.0.10）でも修正されていません。
並び順をどのように出力したいのかわかりませんが、DBを操作できるのであれば、並び順（rank）の項目を子カテゴリを含めた形で並び替えれば良いのではと思います。
※ただし、カテゴリの並び替えは対応できないので、並び替えや追加した時に再度DBをいじる必要があります。