受注を複数に分けるのをどこで行うかにより対応箇所が変更されます。

１．購入確認画面に遷移した段階から、店舗ごとに分ける
２．受注確定（購入ボタンを押下）した段階で受注を分ける


１の場合は、修正が大きくなると思いますのでおすすめはしません。
その場合は、ShoppingController::index の $Order = $app['eccube.service.shopping']->createOrder($Customer); から複数にに分ける必要があります。


２の場合は、確定後の処理で、新しく受注（dtb_order）を生成し、元の受注から他店舗の商品情報（dtb_order_detail）等を新しく生成した受注に入れ替える必要があります。

ShoppingController::comfirm の $app['eccube.service.shopping']->processPurchase($Order); の処理の直前に分割し、分割した回数分 $app['eccube.service.shopping']->processPurchase($Order); を実行すれば良いのではと思います。