先ほどの投稿で貼ったURLは、どうやらどなたかの個人的メモだったようで、URLは削除いたしました。
（多分サーバー内にテキストファイルを上げていたものが、index.htmlなどがないためにむき出しになっていたようですね）

備忘録と他の方のご参考のためにまとめさせていただきます。

▼症状
・さくらインターネットでEC-CUBE（バージョン：2.13.5）をインストール。
・管理画面にはアクセスでき、無事インストールできるが、ユーザー画面が　500 Internal Server Error

▼うまくいった対処法
サイト全体を包むディレクトリのパーミッションを　755に変更。

例えば
/home/hogehoge/www/shop/
であれば、　shop　を755に。
（私は777にしていました。）

html をそのまま使っている（初期状態のディレクトリ構成の場合）はhtmlのパーミッションを755にする