nanasess様、seasoft様
ご連絡をありがとうございます。

やはり、category_id1、category_id2のデータが共に0のデータは初期データなのですね。
移行の際、おそらく最初にそちらのデータを入れ込まず、最初からcategory_idに紐付けた状態で規格データを入れ込んだような状態です。

もし仮にECCube側の判定がproduct_class_idを昇順で、その商品のcategory_id1,2が共に0なものを検索をかけて、それより先にcategory_id1,2が0以外のものがヒットするため、insertやupdateを行ってしまっている場合、どちらのファイルでそれを改修できるかご存知でしょうか…

申し訳ございません、ご確認くださると大変助かります。
何卒宜しくお願い致します。