横からすみません。
全く同様の症状で苦しんでおりましたが、本スレッドを参考にして解決することができましたので、まだ解決出来ていないようであれば参考にしてください。

468さんのご指摘通りでした。

$dom->loadHTML('<?xml encoding="UTF-8">'.$source);

↓

$dom->loadHTML(mb_convert_encoding($source, 'HTML-ENTITIES', 'utf-8'));

に書き換えることで私の環境では解決できました。
どうぞ、ご参考まで。