そうなのですね・・・。
私の方でも3.0.13をMySQLに接続する環境を作って確認してみましたが、現象は再現しませんでした。
（「あ」で検索されていますよね？）

ソースを見ると、/src/Eccube/Doctrine/ORM/Query/Normalize.php というファイルが3.0.13では追加されており、
/src/Eccube/Repository/ProductRepository.php 115行目のNORMALIZE(*****)を見るとわかるのですが、
SQLを組み立てる際に、「 COLLATE utf8_unicode_ci」をSQL文中にセットしているようです。
私は、この処理の目的が良く分からないのですが、
とりあえず、Normalize.php内の以下の記述を変更すれば、エラーは出なくなりますか？
$sql = sprintf('%s COLLATE utf8_unicode_ci', $this->string->dispatch($sqlWalker));
↓
$sql = sprintf('%s', $this->string->dispatch($sqlWalker));

エラーが出なくなるのであれば、「 COLLATE utf8_unicode_ci」が原因かと思いますので、
そこからMySQL側の設定など対応方法を検討していけば良いかと思います。
単純にこの記述を消していいものかどうか、私には判断できないので、申し訳ないのですが・・・。

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