デフォルトのV3.0.10で確認してみましたが、
ある規格の在庫が0の時は、規格プルダウンには「(品切れ中)」の文言が表示されました。
※選択してカート投入→在庫エラーになります。
何かカスタマイズなどされていますか？

あと、ご要望の要件ですが、
基本情報＞ショップマスターにある「商品設定」の在庫切れ商品を非表示にするの項目の有効ラジオボタンを選択して更新するれば、
規格プルダウンに選択肢が出てこなくなりますので、
対応できるのではないかと思いますが、如何でしょうか？
※規格無し商品については、在庫切れでも表示したい場合は、要件を満たしていないと思いますが・・・。

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株式会社シロハチ
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