お返事、ご指摘ありがとうございます。

変更した箇所は 514行目あたりからの処理で
public function getNewShipmentItem(Order $Order, Product $Product, ProductClass $ProductClass, $quantity)
{
の中にある
$productDeliveryFeeTotal = 0;
if (!is_null($this->BaseInfo->getOptionProductDeliveryFee())) {
$productDeliveryFeeTotal = $ProductClass->getDeliveryFee() * $quantity;
}
$Shipping->setShippingDeliveryFee($Shipping->getShippingDeliveryFee() + $productDeliveryFeeTotal);

の部分を変更して下記のようにしました。

$productDeliveryFeeTotal = 0;
if (!is_null($this->BaseInfo->getOptionProductDeliveryFee())) {
$productDeliveryFeeTotal = $Shipping->getDeliveryFee()->getFee() * $quantity + $ProductClass->getDeliveryFee() * $quantity;
}
$Shipping->setShippingDeliveryFee($Shipping->getShippingDeliveryFee() + $productDeliveryFeeTotal);

すると、１種類の商品が数個入っている場合には意図した計算になります。
２種類以上の商品が入った場合、何故か送料が１回多く加算されてしまう感じです。

ご指摘の箇所も何度か色々変更してみたのですが、注文内容確認画面で数字の変動が見られず送料も１個分しか計算されませんでした...

すぐ下の
/**
* お届け先ごとの送料合計を取得
*
* @param $shippings
* @return int
*/
public function getShippingDeliveryFeeTotal($shippings)
{
$deliveryFeeTotal = 0;
foreach ($shippings as $Shipping) {
$deliveryFeeTotal += $Shipping->getShippingDeliveryFee();
}

return $deliveryFeeTotal;

}

の部分や

/**
* 商品ごとの配送料を取得
*
* @param Shipping $Shipping
* @return int
*/
public function getProductDeliveryFee(Shipping $Shipping)
{
$productDeliveryFeeTotal = 0;
$shipmentItems = $Shipping->getShipmentItems();
foreach ($shipmentItems as $ShipmentItem) {
$productDeliveryFeeTotal += $Shipping->getDeliveryFee()->getFee() * $ShipmentItem->getQuantity();
}
return $productDeliveryFeeTotal;
}

の部分も変動したらわかると思って、下記のように Quantity を消してみたり
foreach ($shipmentItems as $ShipmentItem) {
$productDeliveryFeeTotal += $Shipping->getDeliveryFee()->getFee();

と、変更してみたのですが、やはり注文内容確認画面の数字は変動しませんでした...