私の知識では、新規でインストールする手順しかわかりません。個人的なメモですので見にくいかと存じますが、晒します。

★autoload.phpの最初に下記を追加
===
if (isset($_SERVER['HTTP_X_SAKURA_FORWARDED_FOR'])) {
$_SERVER['HTTPS'] = 'on';
$_ENV['HTTPS'] = 'on';
$_SERVER['HTTP_HOST'] = 'ドメイン.jp';
$_SERVER['SERVER_NAME'] = 'ドメイン.jp';
$_ENV['HTTP_HOST'] = 'ドメイン.jp';
$_ENV['SERVER_NAME'] = 'ドメイン.jp';
}
===

★さくらサーバーにEC-CUBEを展開する
※クイックインストールを使う場合は、ストア名が挿入されるため、排除する手順が必要
ex）https://ドメイン.jp/ディレクトリ名/html

★サーバーコントロールパネルより、ドメイン設定
ルートディレクトリを変更

//変更前
https://ドメイン.jp/

//変更後
https://ドメイン.jp/ディレクトリ名

★.htaccessの修正
ルートディレクトリを変更した場合、htmlフォルダの.htaccessを修正しないとエラーが出る。

=== htmlの.htaccess
SetEnvIf REDIRECT_HTTPS (.+) HTTPS=$1

order deny,allow
allow from all
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /html

# Authorization ヘッダが取得できない環境への対応
RewriteCond %{HTTP:Authorization} ^(.*)
RewriteRule ^(.*) - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%1]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^(.*)\.(gif|png|jpe?g|css|ico|js|svg)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
</IfModule>
===

★https://ドメイン.jp/html/にアクセスしEC-CUBEをインストールする

★htmlフォルダをURLから消す準備
htmlフォルダの中身をEC-CUBEルートへ移動させる
.htaccessを修正する

=== htmlの.htaccess
SetEnvIf REDIRECT_HTTPS (.+) HTTPS=$1

order deny,allow
allow from all
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /

# Authorization ヘッダが取得できない環境への対応
RewriteCond %{HTTP:Authorization} ^(.*)
RewriteRule ^(.*) - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%1]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^(.*)\.(gif|png|jpe?g|css|ico|js|svg)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
</IfModule>
===

★index.php、index_dev.php、autoload.phpを修正する(//の移動)

★path.ymlの修正
/app/config/eccube/path.yml
root_urlpath: /

https://ドメイン.jp、管理画面にアクセスし動作確認