2.12系のモジュールに関して、ヤマトフィナンシャル社へ問い合わせをしたところ、以下の回答でした。

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●EC-CUBE対応のモジュールは、2.13系とバージョン3(埋込型のみ)のご用意となります。
●2.12系をご利用ご希望となりますと、弊社ではサポート出来かねてしまいます。
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仮に無理やり入れてもサポート外になるようで、
とても残念ながらの結果です...。

（yuhさま、遅ればせながらありがとうございました）

あらためまして、2.12.3から2.13へバージョンアップ手順と
注意事項などを教えていただければ助かります。。

よろしくお願い致します。