umebius 様
ご回答ありがとうございます。
まず、当初の状況説明の訂正です。過去の質問（２．４系）に『画像を複数商品で参照するとき発生する』とありますが、私の場合には多くないと書きましたが、間違いでした。規格を設定していますので相当多いです（１商品に規格６個のものもあり）。しかも異常が起きたのはまさに管理画面で規格を設定していた時でした。現象としては過去の質問と同じかもしれません。残念ながらどういう結論になったか不明ですが。
　
$deleteImagesの値のデバッグ
お示しいただいたソースとこちらでインストールしている物が違わないということを確認するということですね。
src/Eccube/Controller/Admin/Product/ProductController.php内のご指摘部分をチェックしましたが、同じでした。

Ec-Cubeの場合アップできるファイル数の上限というのはありますでしょうか？仮にあっても『これ以上入らない』という警告は出てもいきなり既存画像を消すということはないはずですが。
恐れ入ります、もう少しお知恵をお貸しください。