画像消失の原因がわかりました。以下の状況で起こります。
EC-Cube3では商品データをcsvで一括登録する時、画像データは複数個でも一括登録できます。その際画像ファイルはカンマ区切りで入力します。
この時、不要な捨てカンマがあるとsave_imageフォルダにある全画像消失の原因になります。
＜例＞
A.jpg,B.jpg,C.jpg　が正しい記述ですが、A.jpg,B.jpg,C.jpg,　とすると最後のカンマにより、もう１個画像があると判断されるようです。
アップロード後、管理画面で見ると画像３個の後にnoimageのアイコンが表示されます。フロント画面にもnoimageのアイコンが表示されます。これが目障りだからと管理画面でnoimageの画像を×印を押し削除すると、全画像ファイルの消失が起こります。
これを修正するためには、その商品を削除して入れなおすか、数が多い場合にはcsvファイルで画像のフィールドを入念にチェックして上書きアップロードするしかないようです。
カンマがあっても実際に画像ファイルがなければ、”空”とみなすようにしてもらえば助かるのですが。