本件自己解決いたしました。

スレッドに記載もれがあったのですが、WordPressとの連携のためにindex.phpおよびindex_dev.phpに

require_once __DIR__.'/blog/wp-load.php';

を追記していたのが原因でした。
WordPress側でエスケープされていたようです。

お手を煩わせ申し訳ございませんでした。

追記: 対策について
index.php, index_dev.phpに下記コードを追記し、wp-load.phpでエスケープされたものを元に戻すようにしました。

function strip_magic_quotes_slashes($arr){
if(is_array($arr)){
return array_map('strip_magic_quotes_slashes', $arr);
} else {
return stripslashes($arr);
}
}

$_GET = strip_magic_quotes_slashes($_GET);
$_POST = strip_magic_quotes_slashes($_POST);