ShoppingControllerと今回の事象がどういう関係にあるのかがちょっとわからないので、もう一度整理させてください。

[事象]
個別税率を設定した際、特定ページで個別税率が反映されない（デフォルトの税率が反映されてしまう）

[個別税率が反映されるページ]
商品一覧
購入確認

[個別税率が反映されないページ]
商品詳細
カート

[確認したこと]
商品の税込価格はTaxRuleEventSubscriver.phpでセットされているはずだが、通常なら取得できるProductエンティティがnullとなっており、そのために該当のTaxRuleを取得できていない。

ここの $entity->getProduct()がnullになっています。