3.0.14では、子カテゴリを選択した際、親カテゴリも併せて登録するように処理が追記されているようです。
/src/Eccube/Controller/Admin/Product/ProductController.php 368～377行目付近

なぜ、この処理が追加されたのか理由は分かりませんが、カスタマイズで困った事がありましたので、
この部分をコメントアウトした事があります。


あと、2つ目の質問は、フロントの商品詳細ページのカテゴリの表示順の事をおっしゃられていると思いますが、
商品詳細ページを表示する際に、カテゴリマスタの表示順は参照していない為、カテゴリマスタを参照して、表示順を整えてやる必要があります。
プラグインでは無く、直接ソースを改修されるのであれば、
/src/Eccube/Controller//ProductController.php 210行目で商品情報を$Productに格納していますので、
$ProductのProductCategoryを組み立て直す処理を追加すれば良いかと思います。

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株式会社シロハチ
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