ECCUBE 3.0.16 をlolipopサーバ上で構築しておりますが、同様の現象に遭遇いたしましたので、月日が経ってしまっている事例ではありますが、報告させていただきます。

私の環境では、$_SERVER['HTTP_X_FORWARDED_FOR'] に値が格納されていたために、以下の条件式で弾かれたようです。



これを以下のように改修することで、IPによる制限はしたままで、デバッグモードへのアクセスを可能とできます。


HTTP_CLIENT_IP, HTTP_X_FORWARDED_FOR のチェックを外してよいのか？というところですが、これらの値は、Proxyサーバなどを経由したときに付与される値のようで、たとえば同じサーバやゲートウェイを利用しているほかの端末から、開発モードを不正に利用されることを予防するために、こうした設定がされているものと考えます。
したがって、$allowで許可するIPが、第三者が利用することのないIPを利用していると判断できる場合は、上記の修正を行っても問題ないと思います。
REMOTE_ADDRの偽装は、大変困難なようですので。

以上、ご参考になれば。
諸先輩方、もし解釈が間違っている場合はご指摘くださいませ。