2.11系で2万点ほどのサイトをカスタマイズした時はそれなりに重たくなったので、高速化の対応を行いました。

今の所2.12系で10万点ほどでテストサイト作ってますが、カスタマイズ加えてやっと表示に問題がなくなるくらいですね。

数万点で運用するのであれば、それなりにカスタマイズする必要はあると思いますよ。

http://eccube.ec-lab.net/
テストで作ったサイトです。
サーバーが月400円くらいの貧弱なサーバーなので、多少重たいですが、ふつうに表示されてます。