damdamさん

> 追加した項目をEC-CUBEデフォルトの「CSV出力機能」で出力することも
> 「商品CSV登録機能」で商品登録を行うことも可能です。

この説明は、"追加した項目を"に掛かっているので、"追加した項目"は、

・CSVで出力可能(たぶんCSVの出力項目の設定で追加削除できるので)
・CSVで登録可能(たぶん商品CSV登録のフォーマットに追加されるので)

ということだけが読み取れます。
「出力したCSVでそのまま登録もできますよ」ということが明記されては
いませんので、そういう機能ではないと思います。

ソースがgrepできるようでしたらdel_flgで検索してみると出力側で考慮
されているかどうか確認できそうですが、人様のソースなのでこれ以上は
提供元にコメントしていただきたいですね。

お急ぎでしたらdtb_csvのカスタマイズをおすすめします。