damdamさん

該当する機能を持つプラグインは公開されていないようです。
ご希望のご要件は、カスタマイズが必要ということになります。
下記の関数で商品毎の送料を見ているようでしたので、手を入れるなら
この辺になるかと思います。

src/Eccube/Service/ShoppingService.php
getNewDetails()
getNewShipmentItem()
getProductDeliveryFee()

カスタマイズが難しいようでしたら送料関連のプラグインを出していたり、
構築事例を持っている制作会社にご依頼されるのが無難だと思います。

ちなみにご依頼される場合は、以下のような情報も添えて依頼されると良いと思います。

・同一商品を2つ買った場合の送料の期待値(商品Bを2個でも1200円？)
・配送業者の送料との関係
　(配送業者の送料は、0円固定？送料指定商品が含まれていたら0円？従来どおり単純加算？)
・複数配送機能を使用する場合は、複数配送時の送料計算方法
・そのほか送料に影響があるカスタマイズ・プラグインの導入予定

以上です。

＃あとで誰か見るかもしれないので補足＃
複数配送機能を使わなければ、上記の関数の修正だけでも大丈夫そうでした。
複数配送機能を使う場合は、setShippingDeliveryFee()の呼び元から修正が必要になりそうです。
(Shippingsを全部舐めて、一番送料が高い商品を見つけなくてはならないため下層の関数だけでは対応しきれない。)