私も同様の問題に対応しましたので、そのときのSQLを共有します。

受注CSV
INSERT INTO `dtb_csv` (`csv_type`, `creator_id`, `entity_name`, `field_name`, `reference_field_name`, `disp_name`, `rank`, `enable_flg`, `create_date`, `update_date`) SELECT '3', '1', 'Eccube\\Entity\\Order', 'charge', NULL, '手数料', COALESCE(MAX(rank)+1,1), '1', NOW(), NOW() FROM `dtb_csv` WHERE `csv_type` = '3';

配送CSV
INSERT INTO `dtb_csv` (`csv_type`, `creator_id`, `entity_name`, `field_name`, `reference_field_name`, `disp_name`, `rank`, `enable_flg`, `create_date`, `update_date`) SELECT '4', '1', 'Eccube\\Entity\\Order', 'charge', NULL, '手数料', COALESCE(MAX(rank)+1,1), '1', NOW(), NOW() FROM `dtb_csv` WHERE `csv_type` = '4';

上記SQLを実行すればCSVの最後の項目に追加されます。
rankは、SQLで既存レコードをすべて変更するのは大変なので、上記SQL実行後に管理画面のCSV出力項目設定にて手動で行うのが良いです。

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