現象が発生する条件がわからないので、こちらも調べようがないです。
まずはID順などでソートしてみて、管理画面とCSVとで具体的にどの商品が表示されていないか見比べてみてください。
1つでも表示されていない商品がわかれば、他の表示されている商品と何が異なるのかを突き止めれば原因がわかるでしょう。
難しいようであれば、開発元に相談するのがいいです。

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トエビス株式会社　田中 宏典
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