土日またいで申し訳ありません。

->add('koumoku', 'choice', array(
'choices' => array('0' => '無', '1' => '有'),
'required' => false,
'expanded' => true,
'multiple' => false,
'empty_data' => null,
'placeholder' => false,
));

おそらくこの記述だとおもうのですが、Paymentに'placeholder' => false,を追加しても未選択状態になりません。

追加したのは、\src\Eccube\Form\TypeのShoppingType.phpです。

$builder
->add('payment', 'entity', array(
'class' => 'Eccube\Entity\Payment',
'property' => 'method',
'choices' => $payments,
'data' => $payment,
'expanded' => true,
'placeholder' => false,
'constraints' => array(
new Assert\NotBlank(),
),
))

この追加する場所はここであってますでしょうか？