お返事頂き有難うございます。

自分の説明が不十分で申し訳ありません。
Mail/order.twig 箇所はカスタマイズしておりません。

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/src/Eccube/Service/MailService.phpに受注メールを送信しているところがあるかと思いますが、
そこにMail/order_mail.twigの記述はありますか？
324行目付近かと思います。
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確認したのですが、Mail/order.twig となっており、Mail/order_mail.twig の記述はありませんでした。

他に何か推測できるでしょうか？
お手数ですがアドバイスをお願い致します。