すべてのお客様に2回メールが届いているような状況ですか？

提示いただいたソースを見る限りでは、

宛先を設定
->setTo(array($Order->getEmail()))

メールの送信処理
$count = $this->app->mail($message);

1箇所に1回しか送信されていないように見えます。

何かプラグインをインストールされていて、
そこでメールをもう一度、送信している可能性があるかもしれませんが・・・。

$this->app['eccube.event.dispatcher']->dispatch(EccubeEvents::MAIL_ADMIN_ORDER, $event);
↑上記の記述でプラグイン側の処理を実行している為


特定のお客様だけ2回受信されるようであれば、
送信側の問題では無く、受信側（お客様）の問題かと思いますが、如何でしょうか？
転送設定をされていたりしていないでしょうか？

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株式会社シロハチ
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