メモリのエラーはEC-CUBE3系ではCSV登録・ダウンロード時の報告がよく出ますが、規格登録の場合は
2系の方で良く目にした気がします。

規格の組み合わせが多い場合はmax_input_varsを、単純にメモリの上限の問題の場合はmemory_limitを変更する必要があると思います。

ちなみに、現在の設定値は、EC-CUBE管理画面の設定＞システム設定＞システム情報から確認できます。

それから、さくらのレンタルサーバーでしたら.htaccessには書かずにコントロールパネルから
PHP設定の画面でで設定してやる必要があったような気がしますので、ご確認ください。