yuhさんありがとうございます。

SC_UtilsのsfGetAddPointに
/**
* 店舗基本情報に基づいて加算ポイントを返す
*
* @param integer $totalpoint
* @param integer $use_point
* @return integer 加算ポイント
*/
public function sfGetAddPoint($totalpoint, $use_point)
{
// 店舗基本情報を取得
$CONF = SC_Helper_DB_Ex::sfGetBasisData();

return SC_Utils_Ex::sfGetAddPoint($totalpoint, $use_point, $CONF['point_rate']);
}
とあります。
SC_Helper_DBのsfGetAddPointには
/**
* 加算ポイントの計算
*
* ・店舗基本情報に基づいた計算は SC_Helper_DB::sfGetAddPoint() を使用する
*
* @param integer $totalpoint
* @param integer $use_point
* @param integer $point_rate
* @return integer 加算ポイント
*/
public static function sfGetAddPoint($totalpoint, $use_point, $point_rate)
{
// 購入商品の合計ポイントから利用したポイントのポイント換算価値を引く方式
$add_point = $totalpoint - intval($use_point * ($point_rate / 100));

if ($add_point < 0) {
$add_point = '0';
}

return $add_point;
}
とあります。
少し上に
/**
* ポイント付与
* $product_id が使われていない。
* @param int $price
* @param float $

_rate
* @param int $rule
* @return double
*/
public static function sfPrePoint($price, $point_rate, $rule = POINT_RULE)
{
$real_point = $point_rate;
$ret = $real_point;
$ret = SC_Helper_TaxRule_Ex::roundByCalcRule($ret, $rule);

return $ret;
}
とあるのですが、このあたりでしょうか？