『「update_date」が一番古い値』ではなく、 classcategory_id1, classcategory_id2 の値が 0 の行のポイントが、管理画面に反映されるようになっていませんでしょうか？
また、複製時は、基本情報のポイント付与率が設定されると思います。

元々、規格ごとにポイント付与率を設定できない想定なのですが、 CSVで規格ごとに設定できてしまうため、問題が発生しているようにみえます。

「商品登録数が300件以上で不具合が発生する」というのは、具体的にどのような不具合が発生していますでしょうか？