ご回答ありがとうございます。

＞CSV上で規格商品の親規格分類ID, 規格分類IDを変更されていませんか？

dtb_csvの下記を変更しました。
>>no=3
parent_classcategory_id　→　classcategory_id1
親規格分類ID　→　規格分類ID1
>>no=4
classcategory_id　→　classcategory_id2
規格分類ID　→　規格分類ID2

data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_UploadCSV.php の lfCheckErrorDetail()内ですが、

public function lfCheckErrorDetail($item, $arrErr)
{
// 規格分類ID1の存在チェック
if (!$this->lfIsDbRecordMulti('dtb_classcategory', 'classcategory_id', 'classcategory_id1', $item, ',')) {
$arrErr['classcategory_id1'] = '※ 指定の規格分類ID1は、登録されていません。';
}
// 規格分類ID2の存在チェック
if (!$this->lfIsDbRecordMulti('dtb_classcategory', 'classcategory_id', 'classcategory_id2', $item, ',')) {
$arrErr['classcategory_id2'] = '※ 指定の規格分類ID2は、登録されていません。';
}
// 商品ID、規格分類ID1、規格分類ID2の組合せチェック
if ($item['product_class_id'] == '') {
if ($this->objDb->sfIsRecord('dtb_products_class', 'product_id, classcategory_id1, classcategory_id2'
, array($item['product_id'], $item['classcategory_id1'], $item['classcategory_id2']))
) {
$arrErr['classcategory_id'] = '※ 指定の商品ID、規格分類ID1、規格分類ID2の組合せは既に登録されています。';
}
}

// 規格IDの存在チェック
// FIXME 規格分類ID自体のが有効かを主眼においたチェックをすべきと感じる。
if (!$this->lfIsDbRecord('dtb_products_class', 'product_class_id', $item)) {
$arrErr['product_class_id'] = '※ 指定の商品規格IDは、登録されていません。';
}
// 商品ID、規格IDの組合せチェック
if (array_search('product_class_id', $this->arrFormKeyList) !== FALSE
&& $item['product_class_id'] != ''
) {
if ($item['product_id'] == '') {
$arrErr['product_class_id'] = '※ 商品規格ID指定時には商品IDの指定が必須です。';
} else {
if (!$this->objDb->sfIsRecord('dtb_products_class', 'product_id, product_class_id',
array($item['product_id'], $item['product_class_id']))
) {
$arrErr['product_class_id'] = '※ 指定の商品IDと商品規格IDの組合せは正しくありません。';
}

// product_class_idは(product_id, classcategory_id1, classcategory_id2)に対して一意。既に異なるproduct_class_idが存在した場合はエラー
$classcategory_id1 = $item['classcategory_id'] ? $item['classcategory_id'] : 0;
$classcategory_id2 = $item['classcategory_id'] ? $item['classcategory_id'] : 0;
$product_class_id = SC_Utils_Ex::sfGetProductClassId($item['product_id'], $classcategory_id1, $classcategory_id2);
if ($product_class_id && $product_class_id != $item['product_class_id']) {
$arrErr['product_class_id'] = '※ 指定の商品ID/規格分類と、商品規格IDの組合せは正しくありません。';
}
}
}

となっています。
このあたりで間違えがあるのでしょうか。

因みに、規格のある商品をCSVでダウンロードして、規格のついた行（規格分類ID1、規格分類ID2の値が0以外の行）を削除し、規格分類ID1、規格分類ID2の値が0の1行だけを再度アップロードすると正常に更新されます。
規格も残ったままです。

何かお分かりになりますでしょうか。

宜しくお願い致します。