規格分全部登録するのが大変なときは、規格の方を小分けにして規格の組み合わせを
ある程度減らして商品を登録するというてもあるかも知れません。

ところでタイムアウトが原因だとして何のタイムアウトかは判明したのでしょうか？
max_execution_timeが原因じゃなかったのだとしたら、タイムアウトまでの時間から
どのパラメータかを調べてみると良いかも知れません。(待てる範囲であればですが。)
例えば、max_input_timeとかはどうですか？


それからmax_input_varsは、規格の組み合わせ数×入力項目(input)の数だと思うのですが、
サイズが70種類×カラーが359×10＝251300と規格選択等のボタン＋3個になるのでは？
違っていたらすみません。
ちなみに↑の10は、EC-CUBEオリジナルでの規格の組み合わせ１つに対する入力項目の数ですが、
プラグインやカスタマイズで入力項目を増やしているならそれ以上になると思います。