ベースに利用している技術の違いが大きいのではないかと思います。
2系ではデータベースから取得したデータは配列で変数（メモリ上）に格納されていましたが、
(PEAR::MDB2を利用)
3系ではオブジェクトとして変数(メモリ上)に格納されます。
(Symfony2のDoctrineを利用)
var_dump等で変数の中身を表示すると分かりますが、
データの値以外にも色々な情報を保持していて、基本的にメモリの消費量は増えています。
またリレーションが設定された先のデータや、画面に表示するプルダウンの選択肢等もオブジェクトで取得するようで、
同じくメモリを消費する原因となっていると思われます。

私の個人的な感覚では、
Doctorineのようにオブジェクトでデータを取り出すものは、
決まった形のデータを扱うには、
（カラムのスペルミスや親子データの参照ミス等の間違いを起こしにくく）大変便利かと思いますが、
パフォーマンス面では良くないという印象があります。

同じデータ件数だとしても、2系と比べて、3系はサーバのスペックは良いものが必要と思います。

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株式会社シロハチ
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