ありがとうございました。
解決しました
参考までに詳細を書いておきます。

【やりたかったこと】
「販売済み」カテゴリを作って在庫の無い物はそちらでギャラリーとして一覧表示したかった
「花の絵（カテゴリID＝5）」「販売済み（カテゴリID=10)」
・在庫ありの商品　カテゴリID=5…「花の絵」一覧で表示
・在庫なしの商品　カテゴリID=5,10…「花の絵」一覧で非表示・「販売済み」で表示


１．管理画面から「設定」「基本情報」「ショップマスター」で
「在庫切れ商品を非表示にする」⇒「無効」
（こうしないと、商品も表示されません）


２．src/Eccube/Repository/ProductRepository.php
107行あたりに分岐の追加

// category
$categoryJoin = false;
if (!empty($searchData['category_id']) && $searchData['category_id']) {
$Categories = $searchData['category_id']->getSelfAndDescendants();
if ($Categories) {
$qb
->innerJoin('p.ProductCategories', 'pct')
->innerJoin('pct.Category', 'c')
->andWhere($qb->expr()->in('pct.Category', ':Categories'))
->setParameter('Categories', $Categories);
$categoryJoin = true;


//-----------------------
// 「販売済み」系カテゴリ以外では完売商品を表示させない
$cat_id = $_GET['category_id'];
if($cat_id == '10'){
$qb->andWhere('pc.stock = 0');
}else{
$qb->andWhere('pc.stock = 1');
}
//-----------------------

}
}