一旦、自己解決できました。

上記の、
②検索条件を維持
のところで、

　カスタマイズ検索条件「term_a」「term_b」の選択状態を維持したく、
　＜Typeの追加部分＞
　　　\src\Eccube\Form\Type\SearchProductType.php
　　　に下記を追加
　
　　　// セレクトボックス
　　　$builder->add('plg_term_a', 'entity', array(
　　　　　'class' => 'Plugin\プラグイン名\Entity\Term',
　　　　　'property' => 'NameWithLevel',
　　　　　'label' => 'テーマA',
　　　　　'required' => false,
　　　　　'placeholder' => '選択なし',
　　　　　'empty_value' => null,
　　　　　'empty_data' => null,
　　　　　'multiple' => false,
　　　　　// 'expanded' => false,
　　　　　'mapped' => true,
　　　　　// 'choices' => $TermListA,
　　　));
　
　　　// チェックボックス
　　　$builder->add('plg_term_b', 'entity', array(
　　　　　'class' => 'Plugin\ProductTagPlusSearch\Entity\Tagplus',
　　　　　'property' => 'NameWithLevel',
　　　　　'label' => 'テーマB',
　　　　　'required' => false,
　　　　　'placeholder' => '選択なし',
　　　　　'empty_value' => null,
　　　　　'empty_data' => null,
　　　　　'multiple' => true,
　　　　　// 'expanded' => true,
　　　　　'mapped' => true,
　　　　　// 'choices' => $TermListB,
　　　));

すみません、Easyミスで簡単なことでした。。。<(_ _)>
オプション配列から、
- 'expanded' => 〇〇,
- 'choices' => $TermList〇,
の２つをコメントアウトで、チェックボックス配列も受け取ることができました。
HIDDENフォームなので上記２つは要らないですよね。

お騒がせしましたが、
468さまの貴重な経験談が他でも役に立ちました。
ありがとうございました<(_ _)>