コンソールから実行する為の仕組みが用意されていますので、そちらを利用すればよいかと思います。

/src/Eccube/Command/以下にいくつかファイルがありますので、
それが参考になるかと思います。

私は、大量メール配信時の遅延送信を実装した事がありますが、
コンソールで実行する時は、
cd /home/******/public_html/app &&
/home/******/public_html/app/console コマンド名 --引数
のように入力しています。
(cronでも、このコマンドをセットしています)
symfonyの仕様で、appディレクトリに移動して、実行する必要があるようです。

あと、/app/consoleというファイルの中に
$console->add(Eccube\Command\RouterCommand());
↑のような記述があり、ここに自分が作ったコマンドクラスを追記しておかないと、エラーとなります。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog