ECCUBEで設定したGmailとは、インストール時に登録する店舗のメールアドレスに****@gmail.comのアドレスを設定したという意味でしょうか？
それともsmtp設定を行って、メールはgmailのサーバから送信されているのでしょうか？

前者の場合、送信されたメールアドレスの送信元には****@gmail.comと表示されますが、
実際にメールを送信したサーバは、ECCUBE(ロリポップ)のサーバの為、gmailのアドレスに偽装していると判定されると思います。
もし、この状態なのであれば、yahoo等でも迷惑メールとして判定されると思います。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog