ECCUBEのシステム要件のPHPが5.3.9～ですので、
そのままの環境では3系をインストールして稼働させる事はできないと思います。

今まで弊社で行ってきた2系→3系への対応は、
同一環境でアップデートというよりは、サーバ移転という形で対応しております。
(PHPのバージョンなどシステム要件が異なる為)

作業の手順としては、以下のようになります。

1.新サーバにECCUBE3をインストール
2.2系と同等機能のプラグインをECCUBE3にインストール
3.2系にカスタマイズがあれば、3系にもカスタマイズを追加
4.ECCUBE3のデザインテンプレートの調整
5.データ移行(会員データ移行プラグイン for EC-CUBE3 and 商品データ移行プラグイン for EC-CUBE3 and 手作業)
6.DNSの切り替え

基本的に新サイト構築と同じような作業が発生すると思いますので、
しっかりと計画を立てて、作業される事をお奨めします。


>2系から3系へのアップデートは推奨されていないことは承知しております

どういった意味で推奨されていないのか、判断しかねます。
(もしかして上記のように、サイト再構築のような大掛かりな作業になる為？)
3系への乗り換え理由はどういったものでしょうか？
本来であれば、PHP5.3は既に公式のセキュリティサポートも切れていますので、
PHPのバージョンアップも含めて、ECCUBEのアップデートを検討いただいたほうが良いかと思います。

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株式会社シロハチ
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