1つの考え方かと思いますが、私が実装するのであれば、
function execute()に全ての処理を記述するのではなく、
createQueryBuilderを利用するような処理は、******Repositoryクラスにメソッドを追加し、
execute()では、あくまで******Repositoryクラスのメソッドを呼び出す形にします。
それぞれのクラスには、役割がありますので、
データベースとのやり取りは、Repositoryクラスに任せるのがスムーズではないでしょうか？

Repositoryクラス内であれば、createQueryBuilderが使えないという事はないと思います。

commandクラスはcontrollerクラスと置き換えて考えると、ほとんどの事が対応できると思います。
(controllerクラスはhttpリクエストを受け取ってレスポンスを返す仕組みで
　commandクラスはコマンドラインから引数を受け取って結果を出力する仕組みと
　私は理解しています)

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株式会社シロハチ
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