とりあえずですが、今回の質問に関しては解決しました。

https://ドメイン名/index.php/管理画面フォルダ名/
とすることで管理画面へはいけましたが、ショップ自体にも「index.php」を後ろに付けないとリンクが生きないので、現在基点の変更を模索しております。