bsdさん

正攻法か分かりませんが、私はテンプレート（twig）内でrawを用いて変数からエスケープされる前の値を取り出しました。
例えば、メールのショップ名表記でアポストロフィーを使っていましたので、
{{ BaseInfo.shop_name }}
↓
{{ BaseInfo.shop_name|raw }}
の様にして変数を取り出すことで回避しています。

これは他の自動返信メール（お問い合わせ確認メールや会員登録完了メールなど）やヘッダフッタでも同じ事が言えました。

rawの機能や使い方は「twig raw 使い方」などでググればいくつか記事が出てくると思います。

変更後は必ず管理画面からキャッシュのクリアを行って下さい。

私的には強引な方法かと思っていますので、phpをご存じの方にアドバイスを頂くのが適切かと思います。