$objQuery->setOrder("($sub_sql) DESC ,product_id DESC");の直前で、
$sub_sqlを組み立てていると思いますが、
その中身を確認すると、
dtb_product_categories.rankとdtb_category.rankを利用して計算した数値を降順になるように指定しているようです。

dtb_product_categories.rankを利用している事から、
カテゴリに紐づけた順番が関係しているようですので、
商品編集画面などでカテゴリの選択を変更すると、
フロントの商品一覧の順番が変わってくると思います。

また、dtb_category.rankの値が優先されるようになっていますので、
カテゴリを追加すると、新しいカテゴリに所属する商品から表示されるのではないでしょうか？

カテゴリやカテゴリとの紐づけに左右されず、商品の情報で表示したい場合は、
$objQuery->setOrder("($sub_sql) DESC ,product_id DESC");
の所を、
価格順や新着順のように
$objProduct->setProductsOrder('price02', 'dtb_products_class', 'ASC');
$objProduct->setProductsOrder('create_date', 'dtb_products', 'DESC');
シンプルな記述に変更するのが良いかと思います。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog