引用：

正確には、 Application を引数やパラメータに保持しないクラスや関数から Application のインスタンスを取得した際、新たなインスタンスを生成してデータベースのコネクションが複数にならないようにする対策ですね。

https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/857#issuecomment-144291909

複数のコネクションを張ってしまうと、トランザクションの制御ができなくなったり、 SQLite3 でデータベースがロックしてしまったりと弊害が多いので、 Application は必ず唯一のインスタンス(Singleton)となるようにしています。
また、 Singleton にした場合、 initialized で初期化を制御してあげないと、 ServiceProviderInterface::register() が複数回コールされ、不具合の要因となってしまいます。