質問者です。

質問を投稿してから自分で少し調べたりしてまたお聞きしたい内容が変わったので共有させていただきます。

商品一覧ページ内で在庫のない商品を表示しないようにするために、
/src/Eccube/Resource/template/default/Product/list.twigの<!-- ▼item_list▼ -->内で、
{% for Product in pagination %}
を使って在庫のある商品のみを表示することで、なんとなく希望の動作を実現することはできました。

しかしこの場合、検索結果の件数表示（「○件の商品が見つかりました。」）が在庫なし商品も含めた数になってしまったり、1ページに表示される商品数がまちまちになってしまったり（つまり、1ページ15件表示だとしてそのうち5件が在庫なしの場合、画面上には10件しか表示されない）といった新たな問題が発生してしまいました。

これらを解決するにはそもそもの検索ロジックを修正すれば良いのかと思い、
/src/Eccube/Repository/ProductRepository.php内のgetQueryBuilderBySearchData()
をいじろうとはしているのですが、検索条件に「在庫のある商品のみ検索」といった条件追加は可能なのでしょうか？

少し文章がわかりづらいかもしれませんが、お力をお貸しいただけると幸いです。
よろしくお願いいたしますm(_ _)m