自己解決しました

テンプレートの

<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
<!--{$tpl_javascript}-->
//]]>
</script>

と

<script type="text/javascript">//<![CDATA[
// 規格2に選択肢を割り当てる。
function fnSetClassCategories(form, classcat_id2_selected) {
var $form = $(form);
var product_id = $form.find('input[name=product_id]').val();
var $sele1 = $form.find('select[name=classcategory_id1]');
var $sele2 = $form.find('select[name=classcategory_id2]');
eccube.setClassCategories($form, product_id, $sele1, $sele2, classcat_id2_selected);
}
//]]></script>

が揃っていれば問題ありませんでした。ありがとうございました。