今までに聞いた事の無い現象ですが、
本当に商品が消えてしまっているのかデータベースのデータを確認されたほうが良いかもしれません。

データベース上にはデータが残っているけど、
何らかの不具合で管理画面に表示されないのか、
データ自体が消えてしまっているのか、
状況によって、対応が変わってくるかと思います。

あと、消えた商品はフロント側で検索しても表示されない状態でしょうか？
管理画面を操作されているのは1人ですか？
実は知らない間に別の方が古くなった商品を整理しているような事は無いでしょうか？

色々なパターンが考えられますので、
しっかりと調査をされたほうが良いかと思います。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog