ありがとうございます。

$qb = $this->createQueryBuilder('p')->andWhere('p.Status = 1');

// Price
$qb->addSelect('MIN(pcp.price02) as prc_min ');
$qb->innerJoin('p.ProductClasses', 'pcp');
$qb->groupBy('p');
$qb->andWhere( '(pcp.prc_min >= 2000 and pcp.prc_min < 5000)' );

// category
$qb
->innerJoin('p.ProductCategories', 'pct0')
->innerJoin('pct0.Category', 'c0')
->andWhere($qb->expr()->in('pct0.Category', ':Categories0'))
->setParameter('Categories0', $searchData['checkbox0']);


$qb
->innerJoin('p.ProductCategories', 'pct3')
->innerJoin('pct3.Category', 'c3')
->andWhere($qb->expr()->in('pct3.Category', ':Categories3'))
->setParameter('Categories3', $searchData['checkbox3']);

// stock
$qb->addSelect('(case when pcs.stock_unlimited = false and pcs.stock = 0 then 1 else 0 end) as HIDDEN stock_is_no ');
$qb->innerJoin('p.ProductClasses', 'pcs');
$qb->groupBy('p');
$qb->andWhere('pcs.stock_unlimited = true OR pcs.stock > 0');

// 価格低い順
$qb->addSelect('MIN(pc.price02) as HIDDEN price02_min');
$qb->innerJoin('p.ProductClasses', 'pc');
$qb->groupBy('p');
// postgres9.0以下は, groupBy('p.id')が利用できない
// mysqlおよびpostgresql9.1以上であればgroupBy('p.id')にすることで性能向上が期待できる.
// @see https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/1904
// $qb->groupBy('p.id');
$qb->orderBy('price02_min', 'ASC');
$qb->addOrderBy('p.note', 'DESC');

コードはこの上記のようになっています。
判定ロジックは取り除いております。
またこの価格に関わる部分を取り除く、もしくは条件から価格を外すと意図した通りの検索結果が表示されます。

※ProductRepositoryを継承し「getQueryBuilderBySearchData」メソッドを元に作成したメソッドになります。