私もECCUBE2.13で同じ事象になっています。
proken様、その後いかがでしょうか？
もし解決されていたら解決方法をお教えいただけますと幸いです。

※MySQLのdump,restoreを行い、別のサーバーへrestoreしてから発生していると思われますが、すでに書かれていたproduct_class_idにズレはなさそうでした。
それ以外の事象として、同じ受注管理から帳票出力を行っても商品が表示されていないので、取得しているなにかが違う、ずれているというのはあり得るとは思っていますが、何がずれているのかが皆目検討がつかない状況です。