Twigの変更だけでは対応できないと思います。
規格単位で並び替えを行う事になるかと思いますので、
pagenationの対象がProductではなく、ProductClassとなるかと思いますので、
ProductRepositoryにも手を加える必要があると思います。

もし、私が実装するのであれば、影響を最小限に抑えるために
ProductClassRepository.phpに、新しくProductRepository.getQueryBuilderBySearchDataをコピーしたメソッドを追加して、、
内容を
$qb = $this->createQueryBuilder('pc')
->innerJoin('pc.Product', 'p')
->andWhere('p.Status = 1');
のようにProductClassを取得するDQLに変更して、
そのメソッドをProductController.phpから呼び出すように変更します。

ProductRepository.getQueryBuilderBySearchData()は、
デフォルトでは商品一覧以外から呼び出している箇所は無いようですが
追加したプラグイン等で利用される可能性もありますので、
そのままとしておいたほうが良いと思います。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog