それだけのカテゴリー件数を登録した事が無かったので、初めてこの処理に気付きましたが、
src/Eccube/Repository/ProductRepository.phpの getQueryBuilderBySearchData()にて、
指定したカテゴリの子カテゴリを取得してDQLに渡す必要が無いのではないかと思います。

$Categories = $searchData['category_id']->getSelfAndDescendants();
の記述を
$Categories = array($searchData['category_id']);
で同じ検索結果を得られるのではないでしょうか？

どのバージョンからかはっきりと思い出せないのですが、
商品編集画面でカテゴリを紐づけた時に、親カテゴリも全てdtb_product_categoryテーブルに保存するようになっていたと思います。

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株式会社シロハチ
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