お世話になっております。
こちらでも同様に、イプシロン決済のポイント付与ができず、もしかしたらもう対応しているのかも？と思い、イプシロンに問い合わせましたが

―――
ご連絡の件、EC-CUBE3系につきましては
ポイント機能が標準で実装されていないため、
オーナーズストアで入手可能な「ポイントプラグイン」を
ご利用いただいている状況かと存じます。

▼ポイントプラグイン
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1101

恐れ入りますが、イプシロン決済プラグインにつきましては
上記のポイント機能に対応しておりませんので、
ポイント機能をご利用希望の場合は、
加盟店様側にてプラグインの改修を行なっていただきたく存じます。

なお、弊社ではプラグインの改修について
サポートはお受けいたしかねておりますことを
何卒ご了承ください。

以上、ご確認のほどよろしくお願いいたします。
―――
という回答のみで、プラグインの改修ができず、ポイント付与ができないため、大変困ってしまいました…。

Pointプラグイン 1.0.0　/　GmoEpsilon　1.1.3

すでに解決された方、解決の糸口になりそうな情報のわかる方
いらっしゃいましたら、お忙しい中申し訳ありませんが
ご教授いただければ幸いです。

よろしくお願いいたします。